متن نامه استعفای سیدجلیل حسینی معاون آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی خطاب به ظفرقندی منتشر و همانطور که گمانه‌زنی‌ها نشان می‌داد، مشخص شد که مسائلی مانند تحمیل افزایش ظرفیت پذیرش دانشجویان پزشکی و دندانپزشکی با وجود تنگناها و محدودیت‌های فراوان، دخالت‌های غیرکارشناسی و درخواست‌های مغایر با ضوابط و مقررات و ... دلایل اصلی استعفای وی بوده‌اند.
وزیر بهداشت، علی جعفریان مشاور عالی و جانشین خود را با حفظ سمت به عنوان سرپرست معاونت آموزشی وزارت بهداشت منصوب کرده است.
